Tipos de PCR

PCR Anidado - Nested PCR

Se utiliza para acotar un resultado. Comprende de 2 reacciones de PCR.
La primera amplificacion da 2 fragmentos resultantes.
La segunda reaccion trabaja sobre los fragmentos obtenidos en la 1ra reaccion.
Este modo es mas especifico, ya que cuando la Taq trabaja con grandes cantidades de DNA, su fidelidad disminuye.
En cambio con este metodo, se trabaja con fragmentos cortos desde la segunda reacción, lo que hace mas efectivo el proceso.



PCR Multiple

Se lleva a cabo la reaccion de PCR tradicional, pero con mas de 2 primers, para amplificar varias regiones al mismo tiempo.
Se puede utilizar para identificar especies.

PCR Invertido

En este caso, la unica diferencia es que los primers, en vez de converger, divergen desde un punto. Es decir que en caso de ser DNA lineal de doble hebra, los productos seran 2 hebras que no necesariamente se complementaran.
En cambio si se lleva a cabo en un plasmido, si se podria llegar a un producto DNA de doble hebra.

Random Amplification of Polimorphic DNA (RAPD)

Aqui se utilizan varios primers, y se espera que amplifiquen varios segmentos del DNA en estudio.
Mediante este metodo, se puede obtener un patron semi-unico, que podria ser caracteristico para cada especie.
Los primers aca utilizados, tiene un largo de 6-12 nucleotidos.

Real Time PCR (r t PCR)

Es una version mejorada del tradicional PCR.

TaqMan: En este real time PCR,se añade una sonda que puede alinear con el termino de la amplificacion de una hebra. Esta sonda contiene un fluoroforo complejado a un extremo del fragmento que alinea, y en el otro extremo hay un compuesto quencher, que por ende absorbe la luz emitida por el fluoroforo.
Cuando le DNA polimerasa llega hasta la ubicacion de la sonda unida al fragmento de DNA, la actividad exonucleasa de la enzima, rompe el DNA sonda, y el quencher se aleja del fluoroforo, esto se refleja como un aumento de luminiscencia en la muestra. La cual se puede cuantificar para estimar la cantidad de DNA amplificado.



SYBR-Green: En este real time PCR, se utiliza como aditivo, el SYBR Green, que es un fluoróforo que se intercala en el DNA de doble hebra. Por ende, mientras mas DNA amplificado exista en el medio, mas SYBR green se intercalara y la luminiscencia aumentara proporcionalmente a los fragmentos amplificados.